R scripts por Naoki

MANEJO DE DATOS

Curva de rarefacción para estimar el tamaño de (sub)muestras necesarias: Utilizar aleatorización (bootstrapping / jackkinfing) para elaborar la curva de rarefacción de diferentes parámetros (p.e. media, DE, rango, etc.) para estimar el tamaño de (sub)muestras necesarias para su estudio (R script).

Limpiar las especies (columnas) “raros” y los sitios (filas) “pobres” de los datos de comunidad biológica: Eliminar las columnas y las filas del juego de datos grande según su valor de suma de cada columna / fila (R script).

ANALISIS ESTADISTICO

Análisis de Monte Carlo con GLM: Realizar el análisis de Monte Carlo con la permutación de datos (R script) utilizando el paquete ‘permute’ y publicado en Naoki et al. 2017.

GRÁFICAS 

Diagrama de dispersión con GLM: Elaborar la diagrama de dispersión con la línea que indica la relación entre x y y estimada por el modelo lineal generalizado con máxima verosimilitud (R Markdown). Se utilizaron los paquetes ‘ggplot2’ y ‘ggthemes’. La figura publicada en Naoki et al. 2017.

FIG4